Система программных мероприятий направлена на освоение перспективных объемов перевозок грузов и пассажиров, преодоление сложившихся диспропорций в развитии транспортной системы страны, улучшение состояния ее материально-технической базы, применение современных технологий перевозок, переработки и хранения грузов, повышение качества перевозок пассажиров, расширение набора услуг, предоставляемых грузовладельцам и другим участникам транспортного процесса.
Включенные в Программу мероприятия сгруппированы в подпрограммы по отраслевому признаку с учетом их функциональной однородности и взаимосвязанности, а также рационального управления реализацией Программы. Программа включает в себя 6 подпрограмм, 5 из которых сформированы по отраслевому принципу: "Автомобильные дороги", "Внутренние водные пути", "Гражданская авиация", "Железнодорожный транспорт" и "Морской транспорт". Одна подпрограмма - "Развитие экспорта транспортных услуг" - сформирована по функциональному принципу и направлена на решение проблем, особенно актуальных для отрасли.
Во всех подпрограммах сформированы задачи, по каждой из которых предусмотрено ресурсное обеспечение. Задачи дополняются перечнями более детально проработанных проектов и мероприятий, характеризующихся техническими, технологическими и другими особенностями.
Характеристики конкретных инвестиционных проектов включают в себя цель проекта и его описание, данные об объемах капитальных вложений и источниках финансирования, инвестиционной фазе и стадии проектного цикла, оценку экономической эффективности.
Во всех подпрограммах выделяются 3 основных направления расходов: на капитальные вложения, научно-исследовательские и опытно-конструкторские работы, прочие нужды.