Для достижения одной из важнейших целей - повышение безопасности транспортной системы - в Программе предусмотрены мероприятия по обеспечению безопасности транспортного процесса (технологической безопасности), предотвращению ущерба окружающей среде и гражданской обороне.
В Программу включены только те мероприятия, реализация которых целесообразна с использованием программно-целевого метода управления на федеральном уровне. В ряде подпрограмм поставлены задачи или предусмотрены отдельные проекты, направленные на обеспечение безопасности транспортной системы, однако большая часть мероприятий по обеспечению безопасности не выделена в качестве самостоятельных и является составной частью инвестиционных проектов модернизации транспортной системы.
В подпрограмме "Железнодорожный транспорт" решаются задачи обеспечения безопасности движения поездов, предупреждения экологического и техногенного ущерба, предусмотрены также проекты по осуществлению мероприятий на объектах гражданской обороны.
Мероприятия, направленные на предотвращение экологического и техногенного ущерба, предусматривают строительство и реконструкцию природоохранных объектов, внедрение природоохранных технологий и оборудования, развитие экологического контроля.
Сокращение количества дорожно-транспортных происшествий и снижение тяжести их последствий будут достигаться за счет реализации мероприятий по улучшению транспортно-эксплуатационного состояния автомобильных дорог и условий движения на них. Мероприятия подпрограммы "Автомобильные дороги" позволят также снизить отрицательное воздействие автомобильного транспорта на окружающую среду.
В подпрограмме "Морской транспорт" для решения задач снижения аварийности на флоте, обеспечения безопасности судоходства и охраны окружающей среды предусмотрены поставки специальных судов и мероприятия по развитию береговых объектов.
Предусмотрены поставки 17 аварийно-спасательных судов различного типа, 2 лоцмейстерских судов и 12 природоохранных судов.
Для решения задачи обеспечения безопасности судоходных гидротехнических сооружений и водных путей в подпрограмме "Внутренние водные пути" предусмотрено осуществление мероприятий по нескольким направлениям - восстановление устойчивости напорного фронта и эксплуатационной надежности гидротехнических сооружений, обеспечение габаритов пути и безопасности судоходства, обновление технологической связи.