Производственно-экономическая система агропромышленного комплекса включает в себя подотрасли: растениеводство, животноводство, пищевую и перерабатывающую промышленность, рыбоводство и рыболовство, переработку дикорастущих растений и грибов (дикоросов).
Центральным звеном агропромышленного комплекса является сельское хозяйство, доля которого в ВРП составляет 4,8%. В 2020 году произведено продукции сельского хозяйства во всех категориях хозяйств на сумму 67 млрд. рублей, что составляет 1,1% объема продукции сельского хозяйства России и 10,6% Сибирского федерального округа. При этом хозяйствами всех категорий Иркутской области произведено 865,1 тыс. тонн зерна, 344,6 тыс. тонн картофеля, 99,9 тыс. тонн овощей, 454,7 тыс. тонн молока, 152,5 тыс. тонн скота и птицы на убой (в живом весе), 1 007,4 млн. шт. яиц. Основная доля произведенной продукции реализуется в регионе, в том числе поступает на рынок через перерабатывающие предприятия Иркутской области.
В структуре валового объема производства сельскохозяйственной продукции, сырья и продовольствия 38% занимают личные подсобные хозяйства населения, 45% занимают сельскохозяйственные предприятия, в том числе агрохолдинги, 17% - крестьянские (фермерские) хозяйства.
Основные сельскохозяйственные отрасли - животноводство и растениеводство - занимают соответственно 63% и 37% в структуре валовой продукции сельского хозяйства.
Одной из важнейших задач агропромышленного комплекса является обеспечение жителей области качественными продуктами питания местных производителей и укрепление продовольственной безопасности региона.