Основными источниками доходов Ипотечного оператора являются:
плата за услуги, оказываемые гражданам - потенциальным заемщикам при оформлении кредитов;
плата за услуги, оказываемые заемщикам в период пользования кредитами, включая компенсации за поручительство Ипотечного оператора перед кредиторами и последующими залогодержателями;
плата за услуги, оказываемые профессиональным участникам системы ипотечного жилищного кредитования, включая комиссию, удерживаемую с платежей по ипотечным кредитам (согласно договору с ипотечным агентством) за услуги по обслуживанию этих ипотечных кредитов;
доходы от размещения временно свободных средств.
Данные поступления позволяют Ипотечному оператору функционировать до определенной степени автономно и реинвестировать прибыль в развитие инфраструктуры первичного ипотечного рынка.