Основной принцип территориальной организации здравоохранения - создание трехуровневой системы организации медицинской помощи.
С целью развития сферы здравоохранения республики за базовые принципы приняты следующие направления развития в сфере улучшения здоровья населения:
развитие первичной медико-санитарной помощи и профилактической направленности здравоохранения, формирование здорового образа жизни;
развитие сельского здравоохранения;
повышение качества медицинской помощи матери и ребенку;
организация специализированной, в том числе высокотехнологичной, медицинской помощи;
создание технологической системы оказания консультативной медицинской помощи для жителей отдаленных территорий;
совершенствование кадровой политики;
модернизация инфраструктуры и системы управления здравоохранением;
оптимизация сети медицинских организаций на основе этапности оказания медицинской помощи. Укрепление материально-технической базы медицинских организаций;
оказание медицинских услуг по программе государственных гарантий дифференцировано с учетом территориальных особенностей кожуунов республики;
переход на одноканальное финансирование. Формирование рынка медицинских услуг;
повышение оплаты труда работников здравоохранения;
создание эффективной системы лекарственной помощи населению республики;