Обладая на своей территории уникальным природным объектом, озером Байкал, Республика Бурятия несет на себе практически все издержки, связанные с выполнением природоохранных функций. Более 80% водосборной площади озера Байкал приходится на Республику Бурятия, и ограничения, налагаемые особым режимом хозяйственной деятельности, распространяются практически на всю территорию Республики Бурятия. По оценкам Байкальского Института Природопользования СО РАН, общая величина экологической нагрузки на Республику Бурятия доходит до 10% валового регионального продукта.
Обобщая вышеперечисленные проблемы, можно выделить несколько системных проблемных узлов Республики Бурятия, характерных и для большинства субъектов Российской Федерации Байкальского макрорегиона и Дальнего Востока Российской Федерации:
демографические диспропорции, низкое качество жизни, неразвитый рынок труда;
недостаточность инфраструктурных сетей и их высокая изношенность;
ориентация на сырье и слабость перерабатывающей промышленности;
дефицит финансовых и инвестиционных ресурсов;
управленческие затруднения, связанные с межведомственной (межотраслевой) координацией и налаживанием эффективной межрегиональной кооперации (в том числе с Монголией и Китайской Народной Республикой).