Главной альтернативой оперативно-управленческой схеме казначейского исполнения бюджета является менее эффективная, но пока часто применяемая учетно-исполнительная схема. Эта схема требует меньших затрат на создание и функционирование, поскольку в ее основу обычно кладется исполнение поквартальной бюджетной росписи в разрезе главных распорядителей средств бюджета. Эта схема может быть предпочтительной только для регионов со слабой кадровой основой финансовой системы, в качестве переходного периода к более высокой ступени.
К сожалению, Федеральное казначейство пока обеспечивает только эту схему, хотя Правила кассового обслуживания бюджетов субъектов Российской Федерации территориальными органами федерального казначейства, утвержденные приказом Минфина России от 19.04.2000 № 46н, предусматривают финансирование в разрезе бюджетополучателей в соответствии с ежемесячными реестрами, формируемыми финансовыми органами.
Основной альтернативой казначейского исполнения областного бюджета финансовым органом является его полное исполнение органами федерального казначейства. Эта альтернатива должна быть реализована в будущем, когда развитие территориальных органов федерального казначейства позволит обеспечить применение оперативно-управленческой схемы казначейского исполнения бюджета. При этом основные аналитические, контрольные блоки (созданные в процессе перехода на казначейское исполнение бюджета) останутся в финансовом органе областной администрации, а в федеральное казначейство будут переданы функции кассового исполнения (в объеме, аналогичном утвержденному приказом Минфина России от 19.04.2000 № 46н, либо в несколько большем объеме по соответствующему соглашению).