Документы Министерства являются федеральной собственностью и после проведения экспертизы их ценности в порядке, установленном Федеральным архивным агентством, подлежат обязательной передаче на постоянное хранение в ГА РФ как часть Архивного фонда Российской Федерации.
Для хранения документов Архивного фонда Российской Федерации, относящихся к государственной собственности, и документов временного (свыше 10 лет) срока хранения, имеющих практическое значение, а также документов по личному составу, их учета, использования, отбора и подготовки к передаче на постоянное хранение в Министерстве создан отдел архивов ДУД.
Подготовка документов к передаче на хранение в отдел архивов ДУД включает работу сотрудников отдела делопроизводства, отдела архивов ДУД и лиц, ответственных в структурных подразделениях за ведение делопроизводства, по проведению экспертизы ценности документов, формированию и оформлению дел, составлению описей дел и актов о выделении к уничтожению документов и дел.