Подпрограмма реализуется преимущественно за счет собственных средств предприятий отрасли. Важная роль в управлении реализации подпрограммы принадлежит авиакомпаниям, аэропортам и акционерным обществам, занимающимся перевозкой пассажиров, грузов и другими видами транспортного обслуживания.
Успешная реализация подпрограммы в значительной степени определяется расширением круга участников инвестиционного процесса, что может быть достигнуто при повышении инвестиционной привлекательности проектов.
С целью повышения эффективности инвестиций расширяется применение принципов проектного финансирования.
Подпрограмма реализуется с применением системы государственных контрактов на закупку и поставку транспортных средств, технологического оборудования и другой продукции для федеральных государственных нужд, заключаемых государственным заказчиком с соответствующими исполнителями подпрограммы.
В указанных контрактах определяются права и обязанности государственного заказчика и поставщиков по обеспечению государственных нужд, регулируются их отношения при выполнении государственного контракта и предусматривается осуществление государственным заказчиком контроля за ходом работ по его выполнению.
Отбор организаций - исполнителей подпрограммы осуществляется государственным заказчиком на конкурсной основе в соответствии с критериями и процедурой конкурсного отбора исполнителей и установленным порядком заключения государственных контрактов.
Система информационного обеспечения реализации подпрограммы предполагает ведение баз данных о ходе выполнения мероприятий подпрограммы, в том числе по регионам.