Достижение целей и решение задач Программы обеспечивается путем реализации инвестиционных и инновационных мероприятий.
Включенные в Программу мероприятия сгруппированы в подпрограммы по отраслевому и функциональному признакам с учетом их функциональной однородности, взаимосвязанности и рационального управления реализацией Программы. Программа включает в себя 7 подпрограмм. Подпрограмма "Развитие экспорта транспортных услуг" сформирована по функциональному принципу и содержит мероприятия по комплексному развитию транспортной инфраструктуры, которые будут реализованы на условиях государственно-частного партнерства. Подпрограммы "Железнодорожный транспорт", "Автомобильные дороги", "Морской транспорт", "Внутренний водный транспорт", "Гражданская авиация" и "Государственный контроль и надзор в сфере транспорта" сформированы по отраслевому принципу.
(Абзац в редакции, введенной в действие постановлением Правительства Российской Федерации от 30 декабря 2011 года N 1201; в редакции, введенной в действие постановлением Правительства Российской Федерации от 5 мая 2013 года N 401. - См. предыдущую редакцию)
Отбор мероприятий для включения в Программу осуществлялся на основе комплексной модели развития транспортной системы с учетом геополитических интересов Российской Федерации, прогнозов развития и размещения производительных сил, объемов внешнеторгового оборота и схем территориального планирования развития регионов.