Программа рассчитана на 7 лет. С учетом экономической ситуации в стране и состояния материально-технической базы привлекаемых к работам по Программе научно-исследовательских институтов и промышленных предприятий Программа условно разделена на 2 этапа, органически связанных между собой.
На первом этапе (1999-2001 годы) будут приняты меры по восстановлению материально-технической базы ведущих организаций исполнителей работ по Программе, а также начаты работы по реконструкции и модернизации их опытно-производственной базы. Особое внимание будет уделено отбору научно-исследовательских коллективов, которые сохранили научный и научно-технический потенциал, необходимый для проведения исследований фундаментального и поискового характера, ориентированных на решение проблемы борьбы с патогенами и экопатогенами. Одновременно будут привлечены отобранные по конкурсу специализированные исследовательские и научно-производственные организации различных форм собственности, способные вести разработки индикационных и диагностических систем, медицинских и ветеринарных иммунобиологических и лечебных препаратов, дезинфектантов и биоцидов, технических средств защиты от патогенов и экопатогенов.
На втором этапе (2002-2005 годы) Программой предусматривается:
продолжить работы по реконструкции, модернизации и технологическому перевооружению производственной базы организаций исполнителей Программы;
интенсифицировать исследования и разработки, целью которых являются создание и организация производства средств защиты населения и территории Российской Федерации от патогенов и экопатогенов;
достичь максимально возможного обеспечения страны высококачественными средствами защиты от патогенов и экопатогенов, необходимыми для поддержания высокого уровня безопасности населения и среды обитания.
Средства защиты от патогенов и экопатогенов будут поставляться государственным заказчикам в соответствии с Федеральным законом "О поставках продукции для федеральных государственных нужд", постановлением Правительства Российской Федерации от 26 июня 1995 года N 594 "О реализации Федерального закона "О поставках продукции для федеральных государственных нужд" и Указом Президента Российской Федерации от 8 апреля 1997 года N 305 "О первоочередных мерах по предотвращению коррупции и сокращению бюджетных расходов при организации закупки продукции для государственных нужд".