Ввиду сложной транспортной схемы завоз грузов осуществляется до базовых пунктов в короткий навигационный период водным транспортом. Основной магистральной рекой является река Лена, через которую проходит практически весь объем жизнеобеспечивающих грузов, а также через Северный морской путь на арктические реки Анабар, Яна, Индигирка и Колыма для обеспечения арктических и северных районов. При этом навигация на водных путях республики имеет разновременность начала и окончания навигации, зависит от времени вскрытия, продолжительности весеннего паводка и водности рек всего Ленского бассейна.