Государственная программа представляет собой комплекс мер, направленных на сохранение, восстановление и воспроизводство природных ресурсов и охрану окружающей среды, и включает в себя 5 подпрограмм:
1) "Развитие водохозяйственного комплекса Республики Башкортостан";
2) "Обеспечение неистощительного природопользования в Республике Башкортостан";
3) "Совершенствование системы управления отходами производства и потребления в Республике Башкортостан";
4) "Экологическая безопасность Республики Башкортостан";
5) "Обеспечение реализации государственной программы "Экология и природные ресурсы Республики Башкортостан".