Организационная структура унифицированной системы налоговой документации в Министерстве Российской Федерации по налогам и сборам включает в себя:
орган обязательного согласования, ответственный за согласование, утверждение, регистрацию в Госстандарте России и внедрение в МНС России унифицированной системы налоговой документации, - Департамент информационных ресурсов МНС России;
орган предварительной экспертизы, ответственный за экспертизу проектов форм документов на соответствие требованиям, предъявляемым к унифицированным формам документов и формуляру-образцу, учет и ведение унифицированной системы налоговой документации, - ГНИВЦ МНС России;
органы разработки новых форм налоговых документов - департаменты, управления и самостоятельные отделы МНС России, государственные налоговые инспекции (в пределах своей компетенции).
Организационная структура унифицированной системы налоговой документации в министерстве Российской Федерации может изменяться, в основном, за счет пополнения новыми звеньями.