Озеро Байкал и Байкальская природная территория имеют особый статус, закрепленный не только на федеральном, но и на мировом уровне как Участок мирового природного наследия ЮНЕСКО. Режим охраны и природопользования Байкала отличается от правового режима, установленного для иных водных объектов на территории Российской Федерации. Нормативными актами Российской Федерации введена особая региональная норма природопользования - особый режим пользования природными ресурсами в бассейне озера Байкал. Отмечается, что, несмотря на большие размеры территории бассейна озера Байкал, любые антропогенные преобразования неизбежно и отрицательно отражаются на гидрохимическом и гидробиологическом режиме озера. Это потребовало более детальной проработки допустимых уровней воздействия на природную среду региона ("Нормативы допустимого воздействия на экосистему озера Байкал на 1987 - 1995 годы"). По ряду показателей сброса загрязняющих веществ в бассейне озера Байкал приняты более жесткие показатели, а сброс особо опасных высокотоксичных и токсичных веществ считается недопустимым. Это предопределило строительство более совершенных очистных сооружений, внедрение систем оборотного водоснабжения, реконструкцию и модернизацию промышленного производства, разработку и внедрение экологобезопасных технологий, более высокие требования к размещению и функционированию производительных сил в регионе.
По оценке, объем валовой добавленной стоимости, недополученной экономикой Республики Бурятия в результате экологически обусловленных потерь и недопроизводства продукции, составил в 2004 году 7,2 млрд. руб., в 2005 году - 7,9 млрд. руб.
При этом озеро Байкал является уникальным ресурсом, имеющим мировой уровень известности. По некоторым оценкам, ежегодно озеро Байкал привлекает около 1 миллиона туристов (преимущественно "дикарями"), что близко к критической численности, которую озеро Байкал способен принять без ущерба. Кроме того, это уникальный с научной и культурной точек зрения объект. В целом можно говорить о низкой эффективности использования озера Байкал именно в качестве ресурса развития.
В сложившихся условиях основная задача Правительства Республики Бурятия - создание условий для изменения структуры экономики Республики Бурятия в направлении развития инновационности, связанной, в том числе, с экологосберегающими технологиями. Разрыв технологических и хозяйственных цепочек, вызванный экологическими ограничениями, может быть снят за счет новых экологосберегающих технологий, что позволит восстановить их эффективное функционирование. Очевидно, что подобная перестройка требует серьезных инвестиций, необходимых, с одной стороны, для технического перевооружения традиционных отраслей, а с другой - для создания отраслей новой экономики, а также для развития отраслей и производств, наносящих минимальный вред окружающей среде; ориентированных на преимущественное использование возобновляемых ресурсов, использующих ресурсосберегающие, экологически чистые и высокие технологии.