Наличие запасов полезных ископаемых, гидроресурсов, пригодных для жизнедеятельности и производственного использования природных ландшафтов, является одним из факторов, обеспечивающих конкурентоспособность региона и создающих базу для его устойчивого социально-экономического развития. В то же время интенсивное развитие добычи сырья и производств его первичных переделов (таких как металлургия и крупнотоннажные химические производства массовой продукции) приводит к росту антропогенной нагрузки на экологическую ситуацию в области, снижает возможности дальнейшего развития экономики (размещения новых производств, обеспечения их водой и т.п.), а также оказывает негативное воздействие на здоровье населения, влечет за собой рост бюджетных и частных расходов на здравоохранение и охрану природы.
Экологическая ситуация в области остается напряженной из-за постоянного воздействия на природную среду предприятий горнодобывающей, металлургической, химической промышленности. В 90-е годы в силу экономических причин произошло снижение негативного воздействия на окружающую среду. С 2000 года показатели данного воздействия стали ухудшаться и достигли уровня 1990 года. Среди регионов Сибирского федерального округа Кемеровская область имеет самые худшие экологические показатели, уступая по ряду показателей только Красноярскому краю и Иркутской области.
Рост значимости экологических ограничений будет продолжаться, и к числу наиболее острых экологических проблем региона можно будет отнести:
1. Большие площади нарушенных вследствие хозяйственной деятельности предприятий (прежде всего угледобывающих) земель. В "Государственном (национальном) докладе о состоянии и использовании земель в Российской Федерации в 2005 году", представленном Федеральным агентством кадастра объектов недвижимости, отмечается, что Кемеровская область наряду с Ямало-Ненецким, Корякским и Ханты-Мансийским автономными округами, а также Свердловской областью входит в число российских регионов с наибольшими площадями нарушенных земель (свыше 63 тыс. га).
2. Из общего объема воды, забираемой из природных источников и сбрасываемой в поверхностные водные объекты в Сибирском федеральном округе, больше половины приходится на Красноярский край и Кемеровскую область. При этом Томь с притоками относится к самым загрязненным рекам. Антропогенную нагрузку река испытывают с истока, где осуществляется сброс сточных вод горнодобывающими предприятиями без соответствующей очистки. Устойчив уровень загрязнения воды у городов Междуреченска, Кемерово, Новокузнецка, где вода характеризуется как "загрязненная", в отдельные годы как "грязная".
3. Из-за недостаточного финансирования таких работ, как рекультивация нарушенных земель, тушение породных отвалов, строительство водоотливных комплексов и очистных сооружений, не выполняются сроки, предусмотренные проектами ликвидации шахт в Кузнецком угольном бассейне.
4. В области наблюдаются значительные превышения выбросов промышленными предприятиями вредных веществ в атмосферу. Выбросы загрязняющих веществ в атмосферу от стационарных источников последние годы устойчиво растут. Более трети из них приходится на Новокузнецк. Высок объем выбросов метана в атмосферный воздух при разработке угольных месторождений. На территории Кемеровской области, составляющей 0,56% территории Российской Федерации, образуется свыше 50% всех отходов производства и потребления. Почва в районах городов с развитой промышленностью загрязнена хромом, свинцом, кадмием, цинком, марганцем, фтором. Проблема утилизации токсичных отходов является приоритетной для области.