Муниципальные образования области участвуют в реализации части мероприятий программы, направленных на совершенствование межбюджетных отношений, внедрение принципов бюджетирования, ориентированного на результат, реформирование государственного сектора экономики, а также ряда других мероприятий. Для реализации мероприятий программы муниципальные образования разрабатывают и представляют на рассмотрение рабочей группы собственные планы мероприятий в соответствии с приказом финансового управления Брянской области. Участие муниципальных образований основано на принципе добровольности.
Кроме того, участие муниципальных образований в программе реформирования поддерживается путем организации совместных семинаров и иных мероприятий, организуемых органами государственной власти Брянской области с привлечением специалистов профильных ведомств и экспертов.
Для финансирования проводимых муниципальными образованиями работ по программе в составе областного бюджета создается фонд реформирования муниципальных финансов. Средства фонда будут направляться на закупку современной компьютерной техники и программного обеспечения, повышение квалификации сотрудников органов местного самоуправления и другие нужды. Средства будут распределяться на основе методики, учитывающей прогресс муниципального образования в реформировании муниципальных финансов.