Целевые программы подразделяются:
1. по периоду действия на:
- краткосрочные (на 1 год);
- долгосрочные (от 1 года до 5 лет);
2. по уровню значимости на:
- областные;
- межрегиональные;
- федеральные;
3. по функциональной ориентации на:
- социально-экономические;
- производственно-технические;
- научно-исследовательские (инновационные);
- опытно-конструкторские;
- инвестиционные;
- экологические;
- культурного развития;
4. по отраслевой локализации на:
- межотраслевые;
- отраслевые;
- подотраслевые.
При этом областная целевая программа может входить составной частью в межрегиональную или федеральную целевую программу, исходя из предмета совместного ведения Российской Федерации и Сахалинской области в соответствии с Конституцией Российской Федерации и Уставом Сахалинской области.