Организация управления Программой и контроль за ходом ее реализации основаны на формах и методах управления, определяемых заказчиком Программы, и направлены на координацию выполнения мероприятий Программы, включая мониторинг их реализации, оценку результативности, непосредственный контроль за ходом выполнения мероприятий Программы, подготовку отчетов о реализации Программы, внесение предложений по корректировке Программы.
В целях обеспечения взаимодействия между органами государственной власти Калужской области, органами местного самоуправления муниципальных образований Калужской области, общественными объединениями и организациями при рассмотрении вопросов, связанных с реализацией Программы, информация о ходе ее выполнения заслушивается на заседаниях Совета при Губернаторе Калужской области по реализации приоритетного национального проекта «Доступное и комфортное жильё - гражданам России», созданного в соответствии с постановлением Губернатора Калужской области от 21.07.2008 № 222 «О Совете при Губернаторе Калужской области по реализации приоритетного национального проекта «Доступное и комфортное жильё - гражданам России».
Организация управления и контроль за исполнением Программы осуществляется в соответствии с Порядком принятия решений о разработке долгосрочных целевых программ, реализуемых за счет средств областного бюджета, их формирования и реализации и Порядком проведения и критериями оценки эффективности реализации долгосрочных целевых программ, реализуемых за счет средств областного бюджета, утвержденными постановлением Правительства Калужской области от 30.11.2007 № 315 «Об утверждении Порядка принятия решений о разработке долгосрочных целевых программ, реализуемых за счет средств областного бюджета, их формирования и реализации и Порядка проведения и критериев оценки эффективности реализации долгосрочных целевых программ, реализуемых за счет средств областного бюджета» (в ред. постановления Правительства Калужской области от 31.03.2009 № 111).