Управление реализацией программы осуществляет министерство сельского хозяйства области, являющееся государственным заказчиком программы.
Министерство сельского хозяйства области:
обеспечивает согласованность действий по осуществлению программных мероприятий, целевому и эффективному использованию областных средств;
организует и проводит торги по определению подрядных организаций для выполнения гидромелиоративных и культуртехнических мероприятий;
организует взаимодействие с сельскохозяйственными организациями для реализации программных мероприятий.
Для достижения целевых показателей заказчик программы ежегодно составляет увязанный по срокам, финансированию и исполнителям пообъектный план реализации мероприятий программы.
Средства федерального бюджета предоставляются в рамках федералы целевой программы "Сохранение и восстановление плодородия почв земель сельскохозяйственного назначения и агроландшафтов как национального достояния России на 2006 - 2010 годы и на период до 2012 года" министерству сельского хозяйства области в виде субсидий.
Сельскохозяйственные организации реализуют мероприятия по повышению почвенного плодородия и представляют пакеты документов в министерство сельского хозяйства области для получения субсидий.
Порядок и условия предоставления субсидий утверждаются ежегодно постановлениями Правительства области.
Исполнители работ по мелиоративным мероприятиям обеспечивают выполнение работ по государственным контрактам и представляют акты на выполненные объемы работ для оплаты.
Контроль за реализацией программы осуществляет министерство сельского хозяйства области, которое представляет в установленном порядке в министерство экономического развития, промышленности и транспорта области и в Министерство сельского хозяйства Российской Федерации ежемесячные, ежеквартальные и годовые отчеты о ходе реализации программы и эффективности использования бюджетных средств.