Общее руководство и контроль за ходом реализации программы осуществляет государственный заказчик программы - министерство природных ресурсов области.
Заказчик программы с исполнителями программных мероприятий заключает соглашения, договоры и проводит организационную работу по их выполнению в соответствии с документацией, регламентирующей порядок реализации программы.
Исполнители несут ответственность за выполнение мероприятий программы.
Сводный отчет о реализации мероприятий программы и использовании на эти цели средств областного бюджета представляется в соответствии с Законом Амурской области «Об областных целевых программах» и постановлением губернатора области от 31.05.2005 № 321 «О порядке работы с областными целевыми программами».