Государственным заказчиком Программы является Министерство экономики Удмуртской Республики, которое выступает в качестве координатора инновационной деятельности в республике, организует и поддерживает деятельность инновационной инфраструктуры.
Контроль за ходом реализации Программы осуществляется в соответствии с Бюджетным кодексом Российской Федерации и Положением о разработке и реализации республиканских, ведомственных целевых программ, утвержденным постановлением Правительства Удмуртской Республики от 30 июня 2008 года № 151 «Об утверждении положения о разработке и реализации республиканских, ведомственных целевых программ». Оперативный контроль за реализацией Программы возлагается на государственного заказчика Программы.