Контроль за исполнением Программы осуществляет заместитель Губернатора Томской области по строительству и инфраструктуре.
Исполнители Программы ежеквартально, в срок до 5-го числа месяца, следующего за отчетным кварталом, представляют заказчику Программы отчеты о реализации Программы (годовой отчет - в срок до 15 января года, следующего за отчетным годом) и об использовании финансовых ресурсов по установленным заказчиком Программы формам.
Департамент ЖКХ и государственного жилищного надзора Томской области представляет отчет о реализации Программы в Департамент экономики Администрации Томской области в сроки и по формам, утвержденным постановлением Администрации Томской области от 22.06.2012 № 237а «О долгосрочных целевых программах Томской области.