Минздрав РБ осуществляет управление Программой, обеспечивает своевременное использование выделенных денежных средств, исполнение мероприятий Программы.
Отчеты о выполнении Программы направляются в Министерство экономического развития Республики Башкортостан, Министерство финансов Республики Башкортостан по форме, утвержденной Постановлением Правительства Республики Башкортостан от 8 июля 2008 года N 241 "О разработке, утверждении и реализации ведомственных целевых программ" с аналитической запиской, включающей оценку результативности реализации программы, причины и обоснования отклонения фактически достигнутых значений индикаторов результативности от запланированных.
При существенных отклонениях фактических показателей от планируемых Минздрав РБ выявляет причины отклонений и факторы, негативно влияющие на реализацию программы, а также разрабатывает предложения по повышению результативности программы.
Контроль за ходом выполнения мероприятий Программы осуществляется Минздравом РБ, Министерством экономического развития Республики Башкортостан, Министерством финансов Республики Башкортостан.