Государственным заказчиком Программы является министерство здравоохранения области.
Ежегодно при формировании областного бюджета на следующий год министерство здравоохранения области и заинтересованные ведомства с участием министерства экономического развития и инвестиционной политики области и министерства финансов области уточняют основные показатели и затраты по программным мероприятиям, оценочные показатели, состав исполнителей и вносит соответствующие предложения в Правительство области.
Министерство здравоохранения области, как государственный заказчик, ежегодно осуществляет подготовку и представление в установленном порядке в министерство экономического развития и инвестиционной политики области информации о ходе реализации Программы и эффективности использования финансовых средств.
Управление реализацией Программы и контроль ее исполнения осуществляется министерством здравоохранения области совместно с министерством экономического развития и инвестиционной политики области в соответствии с постановлением Правительства Саратовской области от 3 июня 2003 года N 61-П "о порядке реализации долгосрочных областных целевых программ".