Управление Программой осуществляется государственным заказчиком Программы - комитетом охраны окружающей среды и природопользования области, министерством природных ресурсов и экологии области.
Общий контроль за реализацией мероприятий Программы осуществляется Правительством области, комитетом охраны окружающей среды и природопользования области, министерством природных ресурсов и экологии области, министерством финансов области, министерством экономического развития и торговли области, министерством экономического развития и инвестиционной политики области во взаимодействии с министерством промышленности и энергетики области, министерством строительства и жилищно-коммунального хозяйства области, министерством транспорта и дорожного хозяйства области, комитетом транспорта области, министерством сельского хозяйства области в соответствии с постановлением Правительства Саратовской области от 3 июня 2003 года N 61-П "О порядке реализации долгосрочных областных целевых программ" (часть с учетом изменений, внесенных постановлением Правительства Саратовской области от 22.04.2010 N 149-П, см. предыдущую редакцию).
Реализация Программы и контроль за ходом программных мероприятий осуществляется совместно с общественными объединениями. Предусматривается заключение соглашения о взаимодействии между органами государственной власти области и общественными объединениями, а также ежегодное проведение общественных слушаний о ходе реализации Программы.