Это самая большая группа особо охраняемых природных территорий. Всего в республике насчитывается 135 объектов, принадлежащих к этой категории. В том числе 65 гидрологических памятников природы, в основном реки и озера. Так, например, р. Лубянка объявлена памятником природы с целью охраны рыбы хариуса. Болот, отнесенных к памятникам природы, два, как и особо охраняемых родников - Боровецкие ключи и Спасские ключи.
Географических и геологических особо охраняемых природных территорий - 11 объектов:
пещеры (Богородская, Зимовьева, Коннодольская и Юрьева);
гора Лобач;
3 обнажения Пермской системы, в том числе классический Печищенский разрез;
выходы битума с остатками животных четвертичного периода;
Красноборский геологический разрез;
стратиграфический разрез казанского и уржумского ярусов у п. Кзыл-Байрак.
С охраной растительного покрова связаны степные и лесные особо охраняемые природные территории. В республике более 20 степных объектов, включая сурковые колонии (Ново-Тинчалинская сурковая колония, Утинская сурковая колония), Ташевские склоны и др. Некоторые имеют историческую ценность, будучи связаны с именами Э.А.Эверсмана, зоологов 30-х годов школы А.А.Першакова.
Лесных объектов природно-заповедного фонда в республике насчитывается около 30. Это выделы южной тайги с елью и пихтой, сосняки и разные типы дубрав. Здесь сохраняется ряд редких видов растений и животных, исчезнувших на сопредельных территориях. В лесах находятся зоологические памятники, например, колония серой цапли, одна из крупнейших в Европе, известная более 100 лет.