Главным риском при переходе на казначейское исполнение бюджета в 2003 году является большой объем работы высокой сложности, который предстоит осуществить работникам финансовой системы области.
Могут также возникнуть различные, трудно прогнозируемые сегодня трудности при подключении к казначейской системе бюджетополучателей, вызванные их недостаточной, либо отрицательной заинтересованностью. Для преодоления этих прогнозируемых объективных трудностей предусматривается, с одной стороны, обучение работников финансовой системы, с другой - жесткий административный контроль.
При переходе на казначейскую систему исполнения бюджетов муниципальных образований также могут быть риски, связанные с их нежеланием и неготовностью к работе в условиях более высокой прозрачности. Предполагается, что это неизбежное сопротивление должно быть преодолено, с одной стороны, за счет обучения работников и мотивацией их к более высокому уровню финансового учета и контроля, а, с другой стороны, за счет заинтересованности руководителей муниципальных образований в более точных данных о движении финансовых средств.
Есть также риск перехода Пермской области в разряд дотационных регионов, обязанных исполнять бюджет через территориальный орган федерального казначейства, но этот вариант в среднесрочной перспективе представляется маловероятным.