Критерием выделения подпрограмм, в силу специфики предмета данной государственной программы и характера программных приоритетов, является отраслевой принцип. Подпрограммы структурированы в разрезе отраслей промышленности в соответствии с задачами программы.
Подпрограмма 1. Автомобильная промышленность.
Подпрограмма 2. Сельскохозяйственное машиностроение, пищевая и перерабатывающая промышленность.
Подпрограмма 3. Машиностроение специализированных производств.
Подпрограмма 4. Легкая промышленность и народные художественные промыслы.
Подпрограмма 5. Ускоренное развитие оборонно-промышленного комплекса.
Подпрограмма 6. Транспортное машиностроение.
Подпрограмма 7. Станкоинструментальная промышленность.
Подпрограмма 8. Тяжелое машиностроение.
Подпрограмма 9. Силовая электротехника и энергетическое машиностроение.
Подпрограмма 10. Металлургия.
Подпрограмма 11. Лесопромышленный комплекс.
Подпрограмма 12. Развитие системы технического регулирования, стандартизации и обеспечение единства измерений.
Подпрограмма 13. Химический комплекс.
Подпрограмма 14. Конструкционные и функциональные композиционные материалы нового поколения.
Подпрограмма 15. Развитие промышленности редких и редкоземельных металлов.
Подпрограмма 16. Современные средства индивидуальной защиты и системы жизнеобеспечения подземного персонала угольных шахт.
Подпрограмма 17. Обеспечение реализации государственной программы.
Федеральная целевая программа "Уничтожение запасов химического оружия в Российской Федерации", утвержденная постановлением Правительства Российской Федерации от 21 марта 1996 года N 305.