Государственным заказчиком - координатором Программы является Министерство природных ресурсов и экологии Российской Федерации, государственными заказчиками Программы - Министерство сельского хозяйства Российской Федерации, Федеральное агентство водных ресурсов, Федеральная служба по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды, Федеральное агентство по рыболовству.
Министерство природных ресурсов и экологии Российской Федерации как государственный заказчик - координатор Программы в ходе ее выполнения:
осуществляет координацию деятельности государственных заказчиков Программы по эффективной реализации ее мероприятий участниками Программы, а также анализ эффективности использования средств федерального бюджета, средств бюджетов субъектов Российской Федерации и средств внебюджетных источников;
обеспечивает координацию работы с органами государственной власти субъектов Российской Федерации, осуществляемой на условиях заключенных соглашений о предоставлении субсидий на реализацию аналогичных целевых программ, реализуемых за счет средств бюджетов субъектов Российской Федерации (местных бюджетов);
подготавливает проекты решений Правительства Российской Федерации о внесении изменений в Программу и о досрочном ее прекращении, согласовывает их и представляет в Министерство экономического развития Российской Федерации для внесения в Правительство Российской Федерации;
разрабатывает в пределах своих полномочий нормативные (индивидуальные) правовые акты (локальные акты), необходимые для выполнения Программы;
подготавливает и направляет в Министерство экономического развития Российской Федерации ежеквартально и ежегодно доклады о ходе реализации Программы;
подготавливает ежегодно (при необходимости) в установленном порядке предложения об уточнении мероприятий Программы на очередной финансовый год, уточняет затраты на реализацию мероприятий Программы, а также механизм ее выполнения;
обеспечивает эффективное использование средств, выделяемых на реализацию Программы;
организует внедрение информационных технологий в целях управления реализацией Программы и контроля за ходом выполнения ее мероприятий;
организует размещение в средствах массовой информации (в том числе электронных) сведений о ходе и результатах реализации Программы, финансировании ее мероприятий, привлечении внебюджетных ресурсов, проведении конкурсов и торгов на участие в реализации Программы и порядке участия инвесторов;
после завершения Программы представляет в Правительство Российской Федерации, Министерство экономического развития Российской Федерации и Министерство финансов Российской Федерации доклад о выполнении Программы и эффективности использования финансовых средств за весь период ее реализации.
В ходе выполнения Программы государственные заказчики:
вносят предложения и участвуют в уточнении целевых индикаторов и расходов на реализацию мероприятий Программы, а также в совершенствовании механизма реализации Программы;
заключают соглашения с исполнительными органами государственной власти субъектов Российской Федерации о предоставлении субсидий из федерального бюджета на реализацию аналогичных государственных программ (подпрограмм государственных программ) субъектов Российской Федерации в области использования и охраны водных объектов, реализуемых за счет средств бюджетов субъектов Российской Федерации (местных бюджетов), по мероприятиям, расходы на которые включены в такие программы;
(Абзац в редакции, введенной в действие с 25 августа 2016 года постановлением Правительства Российской Федерации от 13 августа 2016 года N 794. - См. предыдущую редакцию)
обеспечивают эффективное использование средств, выделяемых на реализацию Программы;
участвуют в составлении ежеквартальной отчетности о ходе реализации Программы;
участвуют в организации плановых проверок хода реализации отдельных мероприятий Программы;
осуществляют управление деятельностью исполнителей Программы в рамках выполнения ее мероприятий;
представляют государственному заказчику - координатору Программы статистическую, справочную и аналитическую информацию о реализации мероприятий Программы;
участвуют в подготовке доклада о ходе работ по реализации Программы, достигнутых результатах и эффективности использования финансовых средств.
В целях обеспечения согласованных действий при реализации Программы государственным заказчиком - координатором Программы создается научно-координационный совет, формируемый из представителей государственных заказчиков, заинтересованных федеральных органов исполнительной власти, органов государственной власти субъектов Российской Федерации, научных организаций и независимых экспертов.
Положение о научно-координационном совете, его состав и регламент работы утверждаются Министерством природных ресурсов и экологии Российской Федерации.
Основными задачами научно-координационного совета являются:
рассмотрение материалов о ходе реализации мероприятий Программы и предоставление рекомендаций по их уточнению, а также рассмотрение итогов реализации Программы;
выявление научных, технических и организационных проблем в ходе реализации Программы и разработка предложений по их решению.
Организационное и методическое сопровождение деятельности научно-координационного совета осуществляет Министерство природных ресурсов и экологии Российской Федерации.