Совет Комиссии осуществляет следующие функции и полномочия:
вносит на одобрение Высшего Евразийского экономического совета проекты международных договоров, подписываемых Комиссией;
организует работу по совершенствованию нормативной правовой базы Таможенного союза и Единого экономического пространства;
вносит на утверждение Высшего Евразийского экономического совета основные направления интеграции в рамках Таможенного союза и Единого экономического пространства;
рассматривает вопрос об отмене или изменении решений Комиссии, принятых Коллегией Комиссии, в порядке, предусмотренном статьей 13 настоящего Договора;
рассматривает вопрос о мониторинге и контроле за исполнением международных договоров, составляющих договорно-правовую базу Таможенного союза и Единого экономического пространства;
утверждает по представлению Председателя Коллегии Комиссии перечень департаментов Комиссии, их штатную численность, а также их распределение между членами Коллегии Комиссии;
утверждает квалификационные требования к сотрудникам департаментов Комиссии;
принимает решение о снятии привилегий и иммунитетов с сотрудников Комиссии по основаниям, предусмотренным Конвенцией о привилегиях и иммунитетах Евразийского экономического сообщества от 31 мая 2001 года;
одобряет бюджет Комиссии;
одобряет порядок оплаты труда членов Коллегии Комиссии и сотрудников департаментов Комиссии;
одобряет общую предельную штатную численность департаментов Комиссии и выносит эту штатную численность на утверждение Высшего Евразийского экономического совета на уровне глав государств;
принимает решение об образовании представительств Комиссии в Сторонах настоящего Договора;
в целях обеспечения соблюдения прав граждан Сторон на трудоустройство в департаменты Комиссии, предусмотренных настоящим Договором, образовывает при Совете Комиссии комиссию по этике и утверждает ее положение;
дает поручения Коллегии Комиссии;
осуществляет иные функции и полномочия в соответствии с Регламентом.
Совет Комиссии вправе определять вопросы, по которым Коллегия Комиссии обязана провести консультации в рамках консультативного органа, созданного в соответствии со статьей 19 настоящего Договора, перед принятием решения Совета Комиссии или Коллегии Комиссии.
В случае наделения Высшим Евразийским экономическим советом Комиссии правом подписывать международный договор Совет Комиссии своим решением вправе наделить в соответствии с порядком, установленным Регламентом:
Председателя Коллегии Комиссии правом подписывать международные договоры по вопросам, входящим в компетенцию Комиссии;
члена Коллегии Комиссии правом вести переговоры по вопросам, входящим в сферу его деятельности.