В 2000-х годах Правительством Российской Федерации были утверждены и реализованы среднесрочные программы бюджетных реформ (Программа развития органов федерального казначейства на 2000-2004 годы, Программа развития бюджетного федерализма в Российской Федерации на период до 2005 года), Концепция реформирования бюджетного процесса в Российской Федерации в 2004-2006 годах, Концепция повышения эффективности межбюджетных отношений и качества управления государственными и муниципальными финансами в Российской Федерации в 2006-2008 годах, а также мероприятия по обеспечению реструктуризации бюджетного сектора на 2003-2004 годы.
В 2000 году вступил в силу Бюджетный кодекс Российской Федерации, который определил основные подходы к организации бюджетного процесса для всех уровней бюджетной системы Российской Федерации. В нем постепенно находили отражение различные инструменты, обеспечивающие реализацию программ бюджетных реформ.
Результатом данных реформ стало формирование в Российской Федерации современной системы управления общественными (государственными и муниципальными) финансами путем:
создания целостной системы регулирования бюджетных правоотношений, установления единых принципов бюджетной системы и четкого определения статуса и полномочий участников бюджетного процесса;
организации бюджетного процесса исходя из принципа безусловного исполнения действующих расходных обязательств;
разграничения полномочий и, соответственно, расходных обязательств и доходных источников публично-правовых образований (Российской Федерации, субъектов Российской Федерации, муниципальных образований);
ликвидации "необеспеченных федеральных мандатов" и упорядочения основных социальных обязательств;
введения формализованных методик распределения основных межбюджетных трансфертов;
создания и развития системы Федерального казначейства, обеспечивающей кассовое обслуживание бюджетов бюджетной системы Российской Федерации, эффективный учет и предварительный контроль в процессе исполнения расходных обязательств Российской Федерации, управление единым счетом федерального бюджета, формирование достоверной и прозрачной консолидированной бюджетной отчетности;
установления механизма сбережения нефтегазовых доходов и ограничений дефицита федерального бюджета, направленного на повышение устойчивости бюджетной системы Российской Федерации и снижение влияния на бюджетную систему Российской Федерации внешних экономических рисков;
поэтапного внедрения инструментов бюджетирования, ориентированного на результаты (приоритетных национальных проектов, докладов о результатах и основных направлениях деятельности, ведомственных целевых программ, обоснований бюджетных ассигнований, государственных (муниципальных) заданий, проектов по реализации Основных направлений деятельности Правительства Российской Федерации на период до 2012 года);
перехода от годового к среднесрочному финансовому планированию, в том числе утверждению федерального бюджета и бюджетов государственных внебюджетных фондов Российской Федерации на очередной финансовый год и на плановый период в формате "скользящей трехлетки";
создания законодательной базы для развития новых форм финансового обеспечения государственных (муниципальных) услуг;
установления правил и процедур размещения заказов на поставку товаров, выполнение работ, оказание услуг для государственных (муниципальных) нужд и придание этому процессу публичности;
создания системы мониторинга качества финансового менеджмента, осуществляемого главными распорядителями средств федерального бюджета, субъектами Российской Федерации и муниципальными образованиями с использованием инструментов конкурсной поддержки бюджетных реформ.
В то же время не все заявленные планы были реализованы. Не удалось на практике применить ряд законодательно введенных норм, принципов и механизмов и урегулировать многие методические вопросы.
Как следствие, в сфере управления общественными финансами сохраняется ряд следующих системных недостатков и нерешенных проблем:
стратегическое планирование остается слабо увязанным с бюджетным планированием, отсутствует оценка всего набора инструментов (бюджетных, налоговых, тарифных, таможенных, нормативного регулирования), применяемых для достижения целей государственной политики;
сохраняются условия и стимулы для неоправданного увеличения бюджетных расходов, не созданы условия для мотивации органов государственной власти и органов местного самоуправления, а также бюджетных учреждений в повышении эффективности бюджетных расходов и своей деятельности в целом;
структура и динамика расходов слабо увязаны с целями государственной политики;
отсутствуют действенные методики оценки деятельности органов государственной власти и органов местного самоуправления, в том числе оценки эффективности использования ими финансовых ресурсов;
планирование программных и непрограммных расходов, а также капитальных и текущих расходов (за исключением федеральных целевых программ) методологически не взаимоувязано;
не соответствует современным требованиям система государственного финансового контроля;
остаются непрозрачными сферы деятельности участников сектора государственного управления за счет постоянно продлевающихся переходных норм;
не осуществлен переход на кассовое обслуживание государственных внебюджетных фондов;
сохраняются отдельные "необеспеченные федеральные мандаты" и неформализованные (а значит непрозрачные) каналы предоставления межбюджетных трансфертов;
доходная база региональных и местных бюджетов остается нестабильной при низкой заинтересованности регионов и муниципалитетов в ее наращивании;
формальным и недостаточно увязанным с бюджетным процессом остается применение инструментов бюджетирования, ориентированного на результаты;
продолжает расти бюджетная сеть (перевод бюджетных учреждений в автономные учреждения произошел только в нескольких субъектах Российской Федерации и практически не состоялся на федеральном уровне);