Комиссия проводит работу в соответствии с Соглашением и выполняет следующие функции:
осуществление контроля за ходом реализации Соглашения;
назначение по мере необходимости представителей, ответственных за конкретные вопросы пограничной тематики;
разрешение разногласий, возникающих при толковании статей Соглашения в ходе его реализации;
внесение изменений в приложения N 8, 12, 13, 14, 15 и 16 к Соглашению;
рассмотрение и разрешение вопросов, связанных с установкой пограничных знаков, восстановление которых невозможно на месте первоначальной установки;
согласование и решение других важных вопросов, связанных с соблюдением режима российско-китайской государственной границы.