2.1. В соответствии со ст.42 Закона Российской Федерации "О недрах" сбор за выдачу лицензий на право пользования недрами вносится пользователями недр при выдаче указанной лицензии. Сумма сбора определяется исходя из затрат на подготовку, оформление и регистрацию выдаваемой лицензии.
2.2. В соответствии со ст.42 Закона Российской Федерации "О недрах" сумма сбора за выдачу лицензий на право пользования недрами поступает в доход федерального бюджета по коду бюджетной классификации 049 1 12 02101 01 0000 120. Сумма сбора за выдачу лицензий на право пользования участками недр, содержащими месторождения общераспространенных полезных ископаемых, или участками недр местного значения поступает в доход бюджетов субъектов Российской Федерации, регулирующих процесс пользования недрами на указанных участках.
2.3. Сумма сбора за выдачу лицензии на право пользования недрами определяется на основании Сметы расходов на выдачу лицензии на право пользования недрами (далее - Смета), исходя из затрат Федерального агентства по недропользованию и/или его территориальных органов на подготовку, оформление и регистрацию выдаваемой лицензии и устанавливается на финансовый год.
2.4. Смета подготавливается соответствующими региональными/территориальными органами Федерального агентства по недропользованию в пределах сметы расходов на содержание региональных/территориальных органов Роснедра.
Смета подписывается главным бухгалтером и утверждается руководителем регионального/территориального органа по форме согласно приложению к настоящим Временным методическим рекомендациям.
2.5. По лицензиям на право пользования недрами, выдачу которых производит Федеральное агентство по недропользованию, размер сбора рекомендуется принимать равным размеру сбора, установленному на территории соответствующего регионального/территориального органа Роснедра.
2.6. Смету расходов рекомендуется подготавливать исходя из усредненных затрат на выдачу, оформление и регистрацию одной лицензии на пользование недрами.
2.7. За переоформление лицензии на право пользования недрами, внесение изменений и дополнений в лицензию, выдачу лицензии на краткосрочное пользование недрами взимается размер сбора, равный сбору, установленному за выдачу лицензии на право пользования недрами.
За выдачу лицензий на одиночные скважины на питьевую воду рекомендуется устанавливать размер сбора 0,6 к размеру сбора за выдачу лицензии на право пользования недрами.
За выдачу одного дубликата лицензии на право пользования недрами рекомендуется устанавливать размер сбора с коэффициентом 0,1 к размеру сбора за выдачу лицензии.
2.8. Расходы на подготовку, оформление и регистрацию выдаваемых лицензий на право пользования недрами рекомендуется группировать по соответствующим статьям расходов экономической классификации расходов бюджетов Российской Федерации в соответствии с разделом VI Указаний о порядке применения бюджетной классификации Российской Федерации, утвержденных приказом Минфина России от 10 декабря 2004 года N 114н.
2.9. В состав затрат на подготовку, оформление и регистрацию выдаваемых лицензий на право пользования недрами включаются:
2.9.1. Затраты Федерального агентства по недропользованию на изготовление бланков лицензий на право пользования недрами.
2.9.2. Затраты на определение (расчет) конкретных ставок регулярных платежей за пользование недрами (при выдаче лицензий, предусматривающих геологическое изучение участка недр, а также проведение геологоразведочных работ).
2.9.3. Затраты на расходные материалы, используемые для целей выдачи лицензии (канцелярские товары, бумага, расходные материалы для печатающих устройств, дискеты и т.п.).
2.9.4. Расходы на услуги связи (междугородные переговоры, почтовые расходы и т.п.).
2.9.5. Командировочные расходы, связанные с обеспечением мероприятий по выдаче лицензии.
2.9.6. Расходы на обеспечение мероприятий, связанных с выдачей лицензии, техническими и транспортными средствами (амортизация оборудования, ремонт, техническое обслуживание и другие расходы на содержание).
2.9.7. Иные обоснованные расходы на подготовку, оформление и регистрацию выдаваемой лицензии.
2.10. Затраты на подготовку, оформление и регистрацию выдаваемых лицензий на пользование недрами рассчитываются исходя из установленных нормативов, цен и тарифов. В случаях отсутствия установленных нормативов затраты определяются исходя из сложившихся расходов территориальных органов Роснедра в прошлые периоды на оплату работ и услуг, связанных с подготовкой, оформлением и регистрацией выдаваемых лицензий на право пользования недрами.
Командировочные расходы и иные компенсационные выплаты в пользу привлекаемых физических лиц рассчитываются в соответствии с требованиями Трудового кодекса Российской Федерации, Налогового кодекса Российской Федерации, иных нормативных правовых актов.
2.11. Привлечение организаций для проведения экспертиз, подготовки заключений на лицензионную документацию и выполнения иных работ (оказания услуг) осуществляется в соответствии с требованиями законодательства Российской Федерации.
2.12. В соответствии с пп.17 п.2 ст.149 главы 21 части второй Налогового кодекса Российской Федерации сумма сбора за выдачу лицензий на право пользования недрами налогом на добавленную стоимость не облагается.