Программа реализуется в соответствии с порядком, утвержденным постановлением Правительства Российской Федерации от 26 июля 1995 года N 594 "О реализации Федерального закона "О поставках продукции для федеральных государственных нужд".
Государственными заказчиками Программы являются Министерство Российской Федерации по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий, Министерство Российской Федерации по атомной энергии и органы исполнительной власти Челябинской, Курганской и Свердловской областей.
Формы и методы организации управления реализацией Программы определяются государственными заказчиками. Органами исполнительной власти областей и производственным объединением "Маяк" ежегодно разрабатываются мероприятия по реализации Программы, согласованные с Министерством Российской Федерации по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий, Министерством Российской Федерации по атомной энергии, другими министерствами и ведомствами Российской Федерации.
Координация и контроль за реализацией мероприятий Программы осуществляются Территориальным управлением по радиационной реабилитации Уральского региона Министерства Российской Федерации по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий (г.Челябинск), которое работает в тесном взаимодействии с территориальными структурами заинтересованных министерств и ведомств и органами исполнительной власти Челябинской, Курганской и Свердловской областей.
В органах исполнительной власти указанных областей выполнение мероприятий Программы организуют отделы (в Свердловской области - дирекция). На них возлагается также контроль за эффективностью работ. Методическое руководство деятельностью этих отделов (дирекции) осуществляет Территориальное управление по радиационной реабилитации Уральского региона Министерства Российской Федерации по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий.
Руководство научным обеспечением Программы осуществляет региональный научный совет, входящий (на правах секции) в научно-технический совет Министерства Российской Федерации по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий. Тематический план научных исследований утверждается Министерством Российской Федерации по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий, Министерством Российской Федерации по атомной энергии и органами исполнительной власти Челябинской, Курганской и Свердловской областей в установленном порядке.
Финансирование научных работ производится на основе договора между Министерством Российской Федерации по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий, Министерством Российской Федерации по атомной энергии и органами исполнительной власти указанных областей. Отчеты о научных исследованиях по основным направлениям и предложения по внедрению их результатов представляются поэтапно в Министерство Российской Федерации по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий и Министерство Российской Федерации по атомной энергии.
Порядок финансирования и учета расходов на выполнение Программы, а также составления отчетности об использовании выделенных на ее реализацию средств определяется нормативными документами Министерства экономики Российской Федерации, Министерства финансов Российской Федерации, Центрального банка Российской Федерации, Министерства Российской Федерации по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий, Министерства Российской Федерации по атомной энергии и Государственного комитета Российской Федерации по статистике.
Порядок и механизм управления реализацией Программы могут уточняться на основании совместных решений Министерства Российской Федерации по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий, Министерства Российской Федерации по атомной энергии и органов исполнительной власти Челябинской, Курганской и Свердловской областей. Контроль за выполнением Программы осуществляется государственными заказчиками.
Государственные заказчики ежегодно, до 1 февраля, представляют в Министерство экономики Российской Федерации и Министерство финансов Российской Федерации доклады о ходе работ по Программе и об эффективности использования бюджетных и других средств.