Документы, образующиеся в процессе деятельности Росавтодора, имеющие историческое, научное, социальное, экономическое, политическое и культурное значение, входят в состав Архивного фонда Российской Федерации и независимо от ведомственной принадлежности, времени происхождения, места хранения, техники и способа закрепления информации подлежат передаче на государственное хранение в федеральный архив как государственная часть Архивного фонда Российской Федерации.
Архив Агентства хранит документы центрального аппарата, организаций-предшественников, ликвидированных организаций, непосредственно подчиненных Агентству.