Основные направления охраны окружающей среды Сибири осуществляются в соответствии с общими принципами государственной политики в этой области, которые включают:
природопользование на платной основе и возмещение вреда, нанесенного окружающей среде;
обязательное проведение государственной экологической экспертизы проектов;
сохранение приоритета естественных экологических систем, природных ландшафтов и природных комплексов, а также биологического разнообразия.
Комплекс мер по охране окружающей среды должен обеспечить:
стабилизацию экологической обстановки в целом по Сибири и ее улучшение в регионах с высоким уровнем загрязнения окружающей среды;
сохранение качества основных компонентов природной среды: воздуха, воды, почв, растительного и животного мира на вновь осваиваемых территориях;
рациональное использование, охрану и воспроизводство природных ресурсов как компонентов окружающей природной среды;
предотвращение деградации и сохранение уникальных природных комплексов (Байкал, Алтай), природных систем северных территорий, находящихся в сложных экологических условиях;
формирование нормативных правовых и экономических механизмов регулирования в сфере изучения, воспроизводства, использования природных ресурсов и охраны окружающей среды.
В качестве первоочередных мероприятий по реализации экологической стратегии органам исполнительной власти субъектов Российской Федерации, расположенных в Сибири (при участии заинтересованных федеральных органов исполнительной власти и Сибирского отделения Российской академии наук), предлагается разработать основные принципы экологической политики (в том числе касающиеся взимания водного налога, экологического налога, сбора за право пользования объектами животного мира и водными биоресурсами), охраны окружающей природной среды Сибири при широкомасштабном освоении природных ресурсов, а также комплекс конкретных мер в рамках реализации федеральной целевой программы "Экология и природные ресурсы России (2002-2010 годы)".