Южные регионы Сибири непосредственно примыкают к государственной границе Российской Федерации. Граничащие с ними районы Китая, Казахстана и Монголии представляют собой обширную территорию с невысоким уровнем жизни, неразвитой инфраструктурой, аналогичными экологическими проблемами. Социально-экономическое развитие этой зоны может осуществляться на основе согласованной политики указанных стран в отношении приграничного сотрудничества. Основные принципы политики России определяются в Концепции приграничного сотрудничества в Российской Федерации, в рамках реализации которой органами исполнительной власти субъектов Российской Федерации могут быть разработаны мероприятия по организации и стимулированию приграничной торговли и экономического сотрудничества с сопредельными территориями других государств.
Наиболее важными проблемами в приграничных регионах России и Китая являются вопросы упорядочивания миграции и приграничной торговли. Интенсивное перемещение людей и грузов через государственную границу требует создания мощной приграничной инфраструктуры (таможенной, транспортной, финансовой). Другой важной проблемой является взаимодействие двух стран в области охраны окружающей среды в приграничных регионах, для решения которой необходимо заключение соответствующих соглашений с Китайской Стороной и разработка системы контроля их выполнения.
Наиболее тесное сотрудничество исторически обусловлено с Казахстаном. Основными задачами в этом направлении являются:
обустройство пограничных пунктов пропуска;
организация взаимодействия государственных органов Российской Федерации и Республики Казахстан в обеспечении контроля при пограничных переходах, в борьбе с преступлениями, связанными с незаконным перемещением грузов через границу России и Казахстана, а также в пресечении деятельности транснациональных организованных преступных формирований;
организационное обеспечение поставок электроэнергии, нефти, газа и нефтепродуктов в приграничные регионы Казахстана и России;
согласование принципов совместного изучения и разработки рудных месторождений, расположенных в приграничных регионах;
развитие сотрудничества в обеспечении функционирования водного хозяйства приграничных регионов;
решение проблемы водопользования и загрязнения бассейна реки Иртыш.
Актуальные проблемы приграничного сотрудничества с Монголией оборудование автомобильных пограничных переходов и решение вопросов ветеринарно-санитарного контроля при осуществлении экспорта-импорта мясной продукции и сырья животного происхождения.