Реализация Программы осуществляется на основе государственных контрактов (договоров), заключаемых Министерством здравоохранения Российской Федерации с исполнителями программных мероприятий на конкурсной основе.
Государственный заказчик обеспечивает в ходе реализации Программы координацию деятельности основных исполнителей, контролирует целенаправленное и эффективное использование ассигнований и выполнение намеченных мероприятий; формирует совместно с основными исполнителями Программы сводную бюджетную заявку, предусматривая в ней объемы ассигнований на последовательную поэтапную реализацию мероприятий Программы, и ежегодно представляет ее в Министерство экономики Российской Федерации и Министерство финансов Российской Федерации для учета при формировании проектов годовых прогнозов социально-экономического развития страны и федерального бюджета; принимает возможные меры по полному финансированию Программы.
Основные исполнители Программы с участием органов исполнительной власти субъектов Российской Федерации разрабатывают и утверждают ежегодные планы работ по выполнению соответствующих мероприятий; осуществляют организацию, контроль и обеспечение выполнения в полном объеме предусмотренных Программой работ; подготавливают и направляют государственному заказчику предложения к сводной бюджетной заявке с указанием конкретных мероприятий в стоимостных и натуральных показателях с соответствующими обоснованиями.
Исполнители отдельных мероприятий Программы - предприятия, учреждения, организации, общественные объединения определяются на конкурсной основе в соответствии с Положением об организации закупки товаров, работ и услуг для государственных нужд, утвержденным Указом Президента Российской Федерации от 8 апреля 1997 года N 305 "О первоочередных мерах по предотвращению коррупции и сокращению бюджетных расходов при организации закупки продукции для государственных нужд".
В ходе реализации Программы Министерством здравоохранения Российской Федерации будут предприниматься меры по заключению договоров с международными организациями в целях привлечения финансовых средств для осуществления совместных проектов по укреплению материально-технической базы учреждений, осуществляющих высокоспециализированную медицинскую помощь, внедрению новых технологий профилактики и лечения заболеваний, а также по развитию сотрудничества и кооперации на взаимовыгодной (паритетной) основе с государствами - участниками Содружества Независимых Государств.