Государственным заказчиком Программы является Государственный комитет Российской Федерации по поддержке и развитию малого предпринимательства.
Ход выполнения Программы ежеквартально рассматривается на расширенных заседаниях коллегии Государственного комитета Российской Федерации по поддержке и развитию малого предпринимательства и экспертного совета Государственного комитета Российской Федерации по поддержке и развитию малого предпринимательства.
Отбор исполнителей и эффективных проектов реализации мероприятий Программы, финансируемых из средств федерального бюджета, осуществляется на конкурсной основе в соответствии с Указом Президента Российской Федерации от 8 апреля 1997 г. N 305 "О первоочередных мерах по предотвращению коррупции и сокращению бюджетных расходов при организации закупки продукции для государственных нужд" и Порядком закупки и поставки продукции для федеральных государственных нужд, утвержденным постановлением Правительства Российской Федерации от 26 июня 1995 г. N 594 "О поставках продукции для федеральных государственных нужд".
Реализация мероприятий Программы осуществляется на основе взаимовыгодных соглашений и хозяйственных договоров.
Предусматривается долевое финансирование из средств федерального бюджета региональных программ поддержки малого предпринимательства при условии их утверждения соответствующими органами государственной власти субъектов Российской Федерации и обеспечения финансовыми средствами из региональных бюджетов.
Условия конкурсного отбора исполнителей и эффективных проектов дифференцируются для каждой из трех групп регионов.
Координация деятельности федеральных органов государственной власти и органов государственной власти субъектов Российской Федерации, а также общественных объединений предпринимателей по выполнению мероприятий Программы осуществляется Государственным комитетом Российской Федерации по поддержке и развитию малого предпринимательства. Комитет определяет первоочередность выполнения мероприятий с учетом приоритетных направлений и наличия средств, выделенных на реализацию Программы.