Реализация комплекса организационных, профилактических и противоэпидемических мероприятий в рамках Целевой программы по профилактике и снижению заболеваемости туберкулезом в Ленинградской области на 1996-1997 годы позволила значительно повысить ресурсное обеспечение противотуберкулезной службы и добиться улучшения некоторых качественных показателей лечебно-диагностической работы на стационарном и амбулаторном этапах. В значительной степени этому способствовало использование некоторых клинико-диагностических алгоритмов, призванных повысить экономическую эффективность профилактических и лечебных мероприятий, интенсифицировать выявление наиболее опасных в эпидемиологическом отношении категорий больных. Однако добиться положительной динамики основных показателей, характеризующих распространенность туберкулеза, не удалось.
В 1999 году уровень первичной заболеваемости по сравнению с предыдущим годом снизился лишь на 2,1 процента и составил 62,4 на 100 тысяч населения, превысив более чем в два раза уровень 1990-1992 годов. Наиболее высокий уровень заболеваемости туберкулезом отмечался в муниципальных образованиях Лодейнопольский район (104,3), Волховский район (98,4) и город Новая Ладога (92,6).