4.1. Агентство возглавляет руководитель, назначаемый на должность и освобождаемый от должности Губернатором автономного округа по представлению заместителя Губернатора автономного округа, курирующего установленную сферу деятельности.
Руководитель Агентства несёт персональную ответственность за выполнение возложенных на Агентство полномочий и реализацию государственной политики в установленной сфере деятельности.
4.2. Руководитель имеет заместителей, один из которых - первый заместитель руководителя осуществляет свою деятельность на освобождённой основе и исполняет обязанности руководителя при его временном отсутствии.
4.3. Первый заместитель руководителя Агентства назначается на должность и освобождается от должности правовым актом Губернатора автономного округа по представлению заместителя Губернатора автономного округа, курирующего установленную сферу деятельности.
4.4. Заместитель руководителя Агентства назначается на должность и освобождается от должности руководителем Агентства. Заместитель руководителя непосредственно руководит одним из управлений Агентства.
4.5. Правовые акты и документы (приказы о заключении служебных контрактов на определённый срок, служебные контракты на определённый срок, командировочные удостоверения, иные документы) по вопросам осуществления трудовых отношений с руководителем Агентства и первым заместителем руководителя Агентства от имени представителя нанимателя подписывает руководитель аппарата Губернатора автономного округа.
4.6. Руководитель Агентства:
4.6.1. Распределяет обязанности между своими заместителями.
4.6.2. Вносит в Администрацию автономного округа проекты нормативных правовых актов и иные документы по вопросам, входящим в компетенцию Агентства.
4.6.3. Утверждает положения о структурных подразделениях Агентства.
4.6.4. Назначает на должность и освобождает от должности государственных гражданских служащих Агентства.
4.6.5. Решает в соответствии с законодательством Российской Федерации, законодательством автономного округа о государственной службе вопросы, связанные с прохождением государственной гражданской службы в Агентстве.
4.6.6. Представляет на утверждение структуру и штатное расписание Агентства в пределах установленных Администрацией автономного округа фонда оплаты труда и численности работников, смету расходов на содержание Агентства в пределах утверждённых на соответствующий период ассигнований, предусмотренных в окружном бюджете.
4.6.7. Вносит в департамент финансов автономного округа предложения по формированию окружного бюджета и финансированию Агентства.
4.6.8. Представляет в Администрацию автономного округа в установленном порядке предложения о создании, реорганизации и ликвидации подведомственных государственных учреждений.
4.6.9. В установленном порядке назначает на должность и освобождает от должности руководителей подведомственных учреждений или заключает, изменяет и расторгает с указанными руководителями трудовые договоры.
4.6.10. Представляет в установленном порядке работников Агентства и других лиц, осуществляющих деятельность в установленной сфере, к присвоению почётных званий и награждению государственными наградами автономного округа.
4.6.11. На основании и во исполнение Конституции Российской Федерации, федеральных конституционных законов, федеральных законов, актов Президента Российской Федерации и Правительства Российской Федерации, Устава (Основного закона) автономного округа, правовых актов Губернатора автономного округа и Администрации автономного округа издаёт приказы по вопросам, отнесённым к компетенции Агентства, а также по вопросам внутренней организации работы Агентства.