На Министерство здравоохранения Республики Алтай возлагаются обязанности по реализации программных мероприятий, осуществление мер по достижению конечного результата и эффективному использованию финансовых средств, выделяемых на выполнение Программы.
Министерство здравоохранения Республики Алтай с учетом выделяемых на реализацию целевой программы финансовых средств, ежегодно уточняет целевые показатели, согласовывает сроки и затраты по программным мероприятиям, объемы и источники финансирования, механизм реализации Программы, состав исполнителей с Министерством экономического развития и инвестиций Республики Алтай.
Министерство здравоохранения Республики Алтай ведет учет и осуществляет хранение документов, касающихся целевой программы (заключения, соглашения, договоры (контракты), правовые акты, отчеты, утвержденную целевую программу, акты сверки выполненных работ, копии бюджетных заявок, результаты анализов хода выполнения мероприятий, достижения результатов).
Министерство финансов Республики Алтай с участием Министерства экономического развития и инвестиций Республики Алтай, Министерства здравоохранения Республики Алтай, заинтересованных исполнительных органов государственной власти Республики Алтай осуществляет контрольные проверки хода реализации Программы. В ходе проверки оценивается выполнение сроков реализации отдельных мероприятий, целевое и эффективное использование средств, выделяемых на реализацию данной Программы, привлечение внебюджетных источников и средств федерального бюджета и местных бюджетов, конечные результаты Программы.
Министерство здравоохранения Республики Алтай направляет в Министерство экономического развития и инвестиций Республики Алтай отчетность в соответствии с постановлением Правительства Республики Алтай от 28 апреля 2005 года N 65 до 15 числа.