Управление реализацией подпрограммы 5, ответственность за выполнение ее мероприятий и целевое использование средств осуществляет министерство образования Красноярского края.
Краевые государственные учреждения представляют в министерство образования Красноярского края отчеты об исполнении мероприятия подпрограммы 5 по формам, утвержденным соглашениями, заключенными в соответствии с Постановлением Правительства Красноярского края от 09.10.2015 N 539-п "Об утверждении Порядка формирования государственного задания в отношении краевых государственных учреждений и финансового обеспечения выполнения государственного задания", Приказом министерства образования Красноярского края от 30.12.2020 N 61-11-04 "Об утверждении Порядка определения объема и условий предоставления из краевого бюджета субсидий на цели, не связанные с финансовым обеспечением выполнения государственного задания на оказание государственных услуг (выполнение работ), краевым государственным бюджетным и автономным учреждениям, в отношении которых министерство образования Красноярского края осуществляет функции и полномочия учредителя".
Контроль за соблюдением условий выделения, получения, целевого использования и возврата средств краевого бюджета осуществляет служба финансово-экономического контроля и контроля в сфере закупок Красноярского края.
Внешний государственный финансовый контроль за использованием средств краевого бюджета осуществляет Счетная палата Красноярского края.