Существующие ограничения стратегического развития агломерации обусловлены как факторами экономико-географического характера, так и внутренними социально-экономическими факторами:
1. Неэффективность экономики, обусловленная в основном проблемами экономики Республики Бурятия:
- уязвимостью экономики сырьевой специализации республики, что связано с ограниченностью доступной лесосырьевой базы, ухудшением уровня воспроизводства сырьевой базы в золотодобыче и других минерально-сырьевых отраслях;
- отсутствием конкурентоспособной узкоспециализированной ниши в мировой системе разделения труда;
- неконкурентоспособностью промышленности с гипертрофированной ролью предприятий военно-промышленного комплекса;
- отсутствием дешевых ресурсов для обеспечения производственного процесса;
- изношенностью инженерной инфраструктуры.
2. Моральный и физический износ действующих основных фондов продуцирует выпуск продукции, жизненный цикл которой близок к завершению. Низкий уровень капиталовооруженности труда обусловливает сравнительно низкую производительность труда и рентабельность отраслевого производства.
3. Относительно низкая инвестиционная привлекательность, а также низкое качество городской среды в современных условиях снижают конкурентоспособность на рынке капитала и сдерживают поступление внешних (в т.ч. иностранных) инвестиций. Главный город республики не является привлекательным и конкурентоспособным в качестве логистического терминала финансовых и торговых потоков или в качестве центра рекреации и досуга.