Управление реализацией подпрограммы 5, ответственность за выполнение ее мероприятий и целевое использование средств осуществляет министерство образования Красноярского края.
Краевые государственные учреждения представляют в министерство образования Красноярского края отчеты об исполнении мероприятия подпрограммы 3 по формам, утвержденным соглашениями, заключенными в соответствии с Постановлениями Правительства Красноярского края от 09.10.2015 N 539-п "Об утверждении Порядка формирования государственного задания в отношении краевых государственных учреждений и финансового обеспечения выполнения государственного задания", от 28.06.2011 N 375-п "Об утверждении Порядка определения объема и условий предоставления из краевого бюджета краевым государственным бюджетным и автономным учреждениям субсидий на цели, не связанные с финансовым обеспечением выполнения государственного задания на оказание государственных услуг (выполнение работ)".
Контроль за соблюдением условий выделения, получения, целевого использования и возврата средств краевого бюджета осуществляет служба финансово-экономического контроля и контроля в сфере закупок Красноярского края.
Внешний государственный финансовый контроль за использованием средств краевого бюджета осуществляет Счетная палата Красноярского края.