Основными рисками при реализации комплексного плана транспортного обслуживания являются:
1. Инфляционные риски.
2. Дефицит регионального бюджета.
3. Изменение ныне существующих условий и объемов финансирования федеральным бюджетом пригородных железнодорожных перевозок.
4. Ускоренное падение пассажиропотока в связи с автомобилизацией. Матрица рисков реализации КПТО Белгородской области представлена на рисунке 3 (не приводится).