Животноводство Курганской области, как и в целом по России, за последние годы претерпело крупные изменения. Из-за диспаритета цен на энергоресурсы, комбикорма, технику, строительные материалы и продукцию животноводства продолжается процесс сокращения поголовья крупного рогатого скота, в том числе коров, как в личных подсобных хозяйствах населения, так и в сельскохозяйственных предприятиях.
Основная доля (42,7%) от общего объема производства мяса приходится на крупный рогатый скот. За 2015 год произведено (выращено) на убой крупного рогатого скота в живой массе во всех категориях хозяйств 29,9 тыс. тонн. Главным источником производства говядины являются выбракованные коровы и откормочный контингент из молочного стада.
По состоянию на 1 января 2016 года численность коров в хозяйствах всех категорий составила 56,7 тыс. голов, что на 42,0% меньше, чем в 2008 году.
В хозяйствах всех категорий производство молока с 2008 года снизилось на 33,9% и составило 234,2 тыс. тонн в 2015 году. За 2015 год произведено молока в сельскохозяйственных предприятиях 63,9 тыс. тонн (88,8% к 2014 году), в крестьянских (фермерских) хозяйствах - 7,1 тыс. тонн (97,5% к 2014 году).
Развивается племенная работа в животноводстве, сформировано племенное ядро. Генофонд сельскохозяйственных животных региона в настоящее время представлен 4 видами, 10 породами мировой и отечественной селекции молочного и мясного крупного рогатого скота, свиней, лошадей и гусей.
Удельный вес племенного скота в общем поголовье крупного рогатого скота в сельскохозяйственных предприятиях составляет 18%, племенных свиней - 27%.
Основными проблемами в животноводстве являются:
низкая доходность реализованной продукции из-за диспаритета цен на животноводческую и промышленную продукцию, недостаточного уровня государственной поддержки отрасли, незначительного спроса на продукты питания животного происхождения вследствие низкого уровня доходов населения;
монополизм обслуживающих и перерабатывающих организаций;
низкая конкурентоспособность производимой продукции вследствие невысокой продуктивности скота, износа основных средств производства и низкого уровня технологического развития отрасли, недостатка квалифицированных кадров, малой обеспеченности качественными кормами, недоработок в воспроизводстве и сохранности животных;
недостаточное финансирование государственной ветеринарной службы.
На территории Курганской области действует государственная программа Курганской области "О первоочередных направлениях развития ветеринарного обслуживания в Курганской области", утвержденная постановлением Правительства Курганской области от 23 октября 2018 года N 337.
Территория Курганской области относится к карпово-сиговой зоне озерного рыбоводства Российской Федерации. Пастбищная аквакультура является основным направлением товарного рыбоводства, в которое заложен принцип выращивания за один вегетационный период товарных сеголетков сиговых видов рыб и двухгодовиков карпа в естественных водоемах, с обловом нагульных стад перед началом зимних заморов.
В 2016 году в 69 рыбоводных участках, предоставленных для осуществления товарного рыбоводства, выпущено 95 млн штук личинок сиговых видов и их гибридов, а также 263 тыс. штук годовиков карпа, что выше уровня 2015 года на 47%.