Комитет имеет право:
3.1. Вносить на рассмотрение Мэра Москвы, первых заместителей и заместителей Мэра Москвы в Правительстве Москвы, Правительства Москвы предложения по вопросам, входящим в компетенцию Комитета.
3.2. Направлять в соответствии со своей компетенцией запросы в органы исполнительной власти города Москвы и организации с целью получения информации и материалов, необходимых для выполнения возложенных на Комитет функций.
3.3. Осуществлять в установленном порядке и в пределах своей компетенции функции главного распорядителя и получателя бюджетных средств города Москвы, а также осуществлять контроль за целевым и эффективным использованием бюджетных средств и выполнением условий их предоставления.
3.4. Привлекать на конкурсной и договорной основе организации, а также отдельных специалистов и экспертов для проработки наиболее важных и сложных вопросов и для подготовки предложений к проектам программ, прогнозов, экспертных заключений и других разработок, относящихся к сфере деятельности Комитета, за счет и в пределах средств, предусматриваемых ему в бюджете города Москвы на соответствующий финансовый год.
3.5. Формировать, по согласованию с организациями, осуществляющими инновации в приоритетных направлениях, предложения по их развитию для включения в федеральные (от имени города Москвы) целевые программы, финансируемые из федерального бюджета.
3.6. Представлять в установленном порядке интересы города Москвы в судах, иных органах государственной власти и организациях по вопросам ведения Комитета.
3.7. Создавать в установленном порядке межведомственные комиссии, научно-методические, научно-технические, экспертные и иные советы, рабочие группы по вопросам компетенции Комитета.
3.8. Заключать по поручению Мэра Москвы соглашения с соответствующими субъектами договорных отношений в развитие ранее заключенных договоров и соглашений города Москвы с соблюдением норм Закона города Москвы "О договорах и соглашениях города Москвы".
3.9. Вносить предложения (заявки) в Межведомственную комиссию при Правительстве Москвы по упорядочению деятельности государственных унитарных и казенных предприятий города Москвы о создании, реорганизации, ликвидации государственных унитарных и казенных предприятий города Москвы. В установленном порядке назначать и освобождать от должности руководителей предприятий, заключать с ними трудовые договоры и осуществлять иные действия в соответствии с федеральными законами и правовыми актами города Москвы.
3.10. Иметь иные права в соответствии с федеральным законодательством, законами и правовыми актами города Москвы, необходимые для решения задач и выполнения функций Комитета.