1. Состав Комиссии формируется Правительством Республики Саха (Якутия) на основании ст. 16, 36 Федерального Закона "О недрах", ст. 15, 36 Закона Республики Саха (Якутия) "О недрах" и в соответствии с действующей структурой органов государственной власти Республики Саха (Якутия). Предусматривается участие в коллегиальном регулировании вопросов использования и охраны недр на территории Республики Саха (Якутия) представителей Государственного Собрания (Ил Тумэн) Республики Саха (Якутия), Администрации Президента Республики Саха (Якутия) и федеральных органов управления государственным фондом недр, земельными и водными ресурсами, охраной окружающей среды, промышленностью, экономикой и органами горного надзора.
2. Персональный состав Комиссии, ее председатель и заместитель председателя назначаются решением Правительства Республики Саха (Якутия). Председателем комиссии является заместитель Председателя Правительства Республики Саха (Якутия), ведающий вопросами недропользования в республике. Его заместителем является руководитель республиканского (территориального) органа управления государственным фондом недр в республике. Члены комиссии назначаются из числа руководителей федеральных и республиканских органов государственной власти, осуществляющих регулирование недропользования на территории республики.
3. Комиссия является постоянно действующим рабочим органом Правительства Республики Саха (Якутия) и функционирует под его руководством и контролем. Реорганизация, изменение состава, ликвидация Комиссии осуществляются, по решению Правительства Республики Саха (Якутия).